从组织形态变化判断
抗原修复过度会直接破坏组织和细胞的结构，通过显微镜就能直观观察到：
组织碎裂/脱片：原本完整的组织切片出现碎裂、边缘不规整，甚至有大片组织从载玻片上脱落，这是因为过度的热修复或酶解破坏了组织与载玻片的黏附力，同时也破坏了组织内部的结构连接。
细胞形态模糊：细胞轮廓不清晰，胞核、胞质的界限难以区分，甚至出现细胞肿胀、破裂的情况。比如原本应该是圆形的细胞核，变成不规则的模糊团块，这说明修复过程中细胞结构被过度破坏。
从染色结果异常判断
过度修复会干扰抗原抗体的特异性结合，导致染色结果出现明显异常：
背景染色过深：整个切片出现均匀或不均匀的深染色背景，使得目标抗原的阳性信号被掩盖，难以分辨。这是因为过度修复让组织内的非特异性蛋白也暴露出来，和抗体发生了非特异性结合。
阳性信号定位错误：原本应该定位在胞核的抗原，却在胞质甚至整个细胞都出现染色；或者阳性信号呈现弥散状，没有清晰的定位。比如原本是核抗原，修复过度后可能会扩散到胞质，导致定位混乱。
阳性信号减弱或消失：过度修复可能直接破坏了抗原的表位结构，让抗体无法识别结合，原本应该阳性的区域出现信号减弱甚至完全阴性的情况，这种情况容易被误认为是抗原不表达，但结合组织形态的异常就能区分。
结合修复条件反向判断
如果修复参数明显超出常规范围，大概率存在过度修复的可能：
热修复参数异常：比如热修复温度超过100℃，或者修复时间超过20分钟（不同修复方法略有差异，但常规不会过长），这种情况下组织和抗原被过度加热，很容易出现损伤。
酶修复参数异常：酶修复时酶浓度过高、孵育时间过长或温度过高，比如用胃蛋白酶修复时，浓度超过0.4%、孵育时间超过30分钟，就可能过度酶解组织和抗原。